El Real Jardín Botánico de Kew alberga una de las mayores colecciones de muestras de plantas y hongos del mundo, con más de ocho millones de especímenes procedentes de todo el planeta.
Aunque el acceso en persona al Herbario y al Fungario de Kew es gratuito para los investigadores, se reconoce que la comunidad científica mundial obtendría beneficios incalculables si estos recursos fueran aún más accesibles. Por este motivo, el equipo de RBG Kew ha emprendido la colosal tarea de digitalizar toda su colección utilizando FUJIFILM GFX100S y FUJINON GF63mmF2.8 R WR.
“Actualmente estamos embarcados en nuestro proyecto más ambicioso hasta la fecha: completar la digitalización de más de ocho millones de especímenes de plantas y hongos”, explica Marie-Hélène Weech, directora de operaciones de digitalización de RBG Kew.
“Estos especímenes sustentan la investigación de nuestros mayores retos globales. Poner todas nuestras imágenes y especímenes a libre disposición en línea permitirá a la gente acceder a ellos desde todo el mundo, acelerando la investigación.”
Una cuestión de escala
La digitalización de ocho millones de objetos ha planteado dificultades de una magnitud totalmente nueva, explica Marie-Hélène. “Ha sido una operación logística gigantesca”, señala.
Desde el inicio del proyecto de digitalización, RBG Kew ha tenido que contratar, formar y supervisar a un equipo considerable: responsables de digitalización, responsables de control de calidad, personal de operaciones, apoyo y conservación, jefes de equipo y gestores de datos.
“No cerramos el herbario ni el fungario a investigadores y visitantes”, continúa Marie-Hélène. “Sin embargo, esto supuso un reto a la hora de encontrar espacio para más de 40 puestos de trabajo de digitalización de imágenes, repartidos por todo el edificio”.
FUJIFILM GFX100S
El equipo de RBG Kew se decantó por el sistema sistema FUJIFILM GFX porque necesitaba una solución de captura de imágenes que ofreciera una precisión extrema y facilidad de uso en un flujo de trabajo escalable.
“Nuestras hojas de especímenes de tamaño estándar se fotografían con cámaras GFX100S y el objetivo GF63mmF2.8 R WR”, explica Jonny Davies, responsable de soporte de imágenes. “Las cámaras se han montado en cajas de luz: estaciones de captura de imágenes parcialmente encapsuladas iluminadas normalmente con unidades de iluminación LED Kaiser RB 555 AS.
“Producimos imágenes para la investigación científica; por lo tanto, la alta precisión y la resolución eran dos factores inamovibles”, señala. “La GFX100S contiene un sensor de gran formato de 102 megapíxeles. El tamaño físico de este sensor maximiza el detalle de la imagen, lo que significa que cuando los investigadores utilizan estas fotos, la resolución les permite interrogar realmente la textura y la intrincada estructura de las partes de la planta”.
“Otro factor fue la logística”, añade Jonny. “Las imágenes se toman in situ en el herbario y el fungario, no en un estudio controlado. Los retos, ya sean limitaciones de espacio o impacto en el trabajo de otros colegas en Kew, se ven mitigados en parte por el pequeño factor de forma de la GFX100S”.
El proceso de imagen
“Como tomamos imágenes en todo el herbario, los ajustes de exposición varían de una estación a otra”, describe Jonny. Nuestros diafragmas suelen oscilar entre F11 y F13, manteniendo una profundidad de campo suficiente para acomodar el rango de alturas de los especímenes”.
A continuación equilibramos la velocidad de obturación y la sensibilidad ISO en función de esta apertura”. Alrededor de las estaciones hay paso de personas, así que hay que tener cuidado con las sacudidas de la cámara al ajustar la velocidad de obturación. Mantenemos el ISO lo más bajo posible dadas las circunstancias.
“Para mantener la coherencia, nuestras imágenes se analizan con arreglo a las normas de imagen FADGI (Federal Agencies Digital Guidelines Initiative), utilizando el software GoldenThread NXT. El uso de estas directrices nos permite mantener la coherencia en un gran número de estaciones.
“Aspiramos a un estándar mínimo de tres estrellas, con niveles de rendimiento de los parámetros basados en los utilizados para documentos sin encuadernar o pinturas y arte bidimensional.
El volumen de especímenes que pueden fotografiarse en rápida sucesión se ha incrementado enormemente -y el proceso general se ha simplificado- conectando cada GFX100S a un ordenador dedicado y utilizando software para su manejo.
“Nuestras cámaras están conectadas a Mac Minis y a Capture One”, explica Jonny. Explica que los responsables de la digitalización pueden emplear las herramientas de ayuda al enfoque Live View de Capture One para garantizar un enfoque óptimo y utilizar comandos de teclado para disparar el obturador sin tocar el cuerpo de la cámara.
A continuación, se puede asignar rápidamente un nombre al archivo utilizando un escáner de código de barras portátil, antes de exportarlo, convertirlo a TIFF y digitalizarlo utilizando el software de metadatos a medida de Max Communications. “La GFX100S es un equipo muy fácil de usar y nada intimidante”, añade Jonny. “Esto ha sido muy útil, ya que nuestros digitalizadores no tienen necesariamente conocimientos de fotografía”.
El socio del proyecto, Max Communications, que también construyó las estaciones a medida, proporciona la asistencia técnica más importante desde el punto de vista de la digitalización. El software de gestión en la nube propiedad de la empresa permite transcribir y registrar metadatos en el menor tiempo posible.
¿Y ahora qué?
Con un archivo tan grande, era inevitable que se descubrieran algunos tesoros ocultos. El redescubrimiento ocasional de especímenes manipulados por famosos científicos de la época victoriana, como Charles Darwin, ha salpicado el proceso, y estas piezas de la historia biológica ofrecen oportunidades de estudio en muchos campos.
“Esperamos que nuestro portal de datos y la información disponible en GBIF (Global Biodiversity Information Facility) sean un mejor recurso para botánicos, taxónomos, científicos especializados en plantas y otros profesionales de la biología”, afirma entusiasmada Marie-Hélène.
Con más de dos millones de especímenes ya disponibles digitalmente en GBIF y casi 1,5 millones en el portal de datos de Kew a partir de julio de 2024, ya se están llevando a cabo importantes investigaciones utilizando el archivo digitalizado, incluido un proyecto de conservación destinado a proteger especies en peligro de extinción en las Islas Vírgenes Británicas. Los beneficios para la investigación sobre el cambio climático son potencialmente enormes.
“Estamos muy ilusionados por ver cómo se utilizará la colección de otras formas que aún no se nos han ocurrido”, concluye Marie-Hélène. “En última instancia, el objetivo es que las colecciones digitales sean un elemento clave a la hora de aportar nuevos conocimientos y soluciones, que conduzcan a un impacto real a la hora de abordar los retos globales”.
